Serveis i Tarifes | Genòmica i Bioinformàtica
Serveis i Tarifes
Serveis
Les principals aplicacions que actualment ofereix l'IdISBa dins el camp de la genòmica són:
- PCR digital QX200 (Bio-Rad):
- Quantificació absoluta d'ADN o ARN.
- Genotipat i detecció de mutacions.
- Bioanalitzador 2100 i TapeStation 4200 (Agilent):
- Control de qualitat i quantificació de mostres d'ADN i ARN.
- Seqüenciador massiu MiSeq (Illumina):
- 15 Gb i 25 M de lectures per seqüenciació.
- Seqüenciació de panells ADN-seq i ARN-seq.
- Preparació i control de qualitat de llibreries per NGS.
- Unitat d'Arrays tecnologia Affymetrix:
- Perfils d'expressió d'ARN (missatger i no codificant).
- Perfils d'expressió de micro-ARN.
- Estudis d'expressió d'isoformes (Splicing).
- Estudis de citogenètica d'alta resolució per a l'anàlisi de pèrdues i guanys, així com l'absència d'heterozigositat.
- Real-time qPCR (CFX96 Touch, CFX Connect i Lightcycler 480).
- Electroforesi de camp polsat "Chef Mapper XA" (Bio-Rad).
Anàlisi i suport bioinformàtic:
- Estudis d'expressió diferencial de gens, miRNAs i lncRNAs.
- Estudis de correlació expressió miRNA-mRNA.
- Anàlisi de dades RNA-seq: pre-processament (fastQC i multiQC), alineament de lectures al genoma de referència i quantificació d'expressió gènica (STAR, featureCounts i DESeq2).
- Anàlisi de dades single cell (sc-RNA-seq): pipeline complet amb Seurat per a pre-processament, clustering, integració i visualització. Estudi de les interaccions cel·lulars basades en parelles receptor-ligand amb CellPhoneDB.
- Creació de xarxes de co-expressió gènica (WGCNA) per a l'anàlisi i detecció de mòduls de gens amb patrons d'expressió similars a partir de dades transcriptòmiques (microarrays o NGS).
- Anàlisi de significació biològica: anotació ontològica, enriquiment funcional i identificació de vies de senyalització alterades en un context clínic.
- Interpretació de resultats.
- Disseny i muntatge de servidors al núvol ajustats a la capacitat computacional a demanda de l'usuari.
- Desenvolupament i implementació de programari: disseny d'aplicacions personalitzades per a l'anàlisi i visualització de dades.
- Suport i assessorament tècnic i bioinformàtic.