Servicios y Tarifas | Genómica y Bioinformática
Servicios y Tarifas
Servicios
Las principales aplicaciones que actualmente ofrece el IdISBa dentro del campo de la genómica son:
- PCR digital QX200 (Bio-Rad):
- Cuantificación absoluta de ADN o ARN.
- Genotipo y detección de mutaciones.
- Bioanalizador 2100 y TapeStation 4200 (Agilent):
- Control de calidad y cuantificación de muestras de ADN y ARN.
- Secuenciador masivo MiSeq (Illumina):
- 15 Gb y 25 M de lecturas por secuenciación.
- Secuenciación de paneles ADN-seq y ARN-seq.
- Preparación y control de calidad de librerías por NGS.
- Unidad de Arrays tecnología Affymetrix:
- Perfiles de expresión de ARN (mensajero y no codificante).
- Perfiles de expresión de micro-ARN.
- Estudios de expresión de isoformas (Splicing).
- Estudios de citogenética de alta resolución para el análisis de pérdidas y ganancias, así como la ausencia d'heterozigosidad.
- Real-time qPCR (CFX96 Touch, CFX Connect i Lightcycler 480).
- Electroforesis de campo pulsante "Chef Mapper XA" (Bio-Rad).
Análisi y apoyo bioinformático:
- Estudios de expresión diferencial de genes, miRNAs y lncRNAs.
- Estudios de correlación expressión miRNA-mRNA.
- Análisis de datos RNA-seq: preprocesamiento de los datos (fastQC y multiQC), alineamiento de lecturas al genoma de referencia y cuantificación de expresión génica (STAR, featureCounts y DESq2).
- Análisis de datos single cell (sc-RNA-seq): pipeline completo con Seurat para preprocesamiento, clustering, integración y visualización. Estudio de las interaciones celulares basadas en parejas receptor-ligan con CellPhoneDB.
- Creación de redes de co-expresión génica (WGCNA) para el análisis y detección de módulos de genes con patrones de expresión similares a partir de datos transcriptómicas (microarrays o NGS).
- Análisis de significación biológica: anotación ontológica, enriquecimiento funcionales e identificación de vías de señalización alteradas en un contexto clínico.
- Interpretación de resultados.
- Diseño y montaje de servidores en la nube ajustados a la capacidad computacional a demanda del usuario.
- Desarrollo e implementación de software: diseño de aplicaciones personalizadas para el análisis y la visualización de datos.
- Apoyo y asesoramiento técnico y bioinformático.